大多数常用于类风湿关节炎（RA）治疗的合成类缓解病情抗风湿药物（scDMARD）都是意外发现的，如抗疟疾类药物、金制剂、青霉胺和柳氮磺吡啶。然而，甲氨蝶呤（MTX）在 RA 中的使用却是研究者在二十世纪四五十年代经过不断地推理和精密观察而发现的。
经过三十年大家才逐渐认识到 MTX 在 RA、银屑病等其他系统性风湿病中的治疗作用，小剂量 MTX 才逐渐成为 RA 治疗中最主要和标准性的用药。近期，来自印度的 Malaviya 在 International Journal of Rheumatic Diseases 杂志上发表了相关综述，对小剂量 MTX 运用于风湿性疾病的发现过程进行了回顾和总结。
叶酸是细胞增殖过程中合成 DNA 和 RNA 所必需的，可以通过阻断细胞的叶酸供应从而抑制细胞增殖。20 世纪四十年代初期，Subbarow 及其同事合成了两个重要的叶酸拮抗剂：氨基蝶呤和氨甲喋呤。
1948 年，Farber 发表相关研究，证明叶酸拮抗剂——氨基蝶呤和氨甲喋呤治疗儿童白血病有效。由于氨基蝶呤化学性质不稳定且难以合成，因此氨甲喋呤被广泛用于临床，并且后来被重新命名为「甲氨蝶呤」。
同时，在 20 世纪五十年代初期，Gubener 等人研究发现皮质醇和叶酸抑制剂氨基蝶呤对间充质细胞增殖具有强大的抑制作用，通过体外实验证明了 MTX 具有类固醇样效应。在免疫紊乱疾病的治疗中，他们发现 MTX 与皮质醇具有同等的疗效，因此，他们首次提出了 MTX 具有「类固醇减量效应」的观点。
1967 年，Rex T. Hoffmeister 首次在 RA 患者中使用小剂量 MTX（15 mg/周），并于 1983 年正式发表了肌肉注射小剂量 MTX（15 mg/周）治疗 78 名 RA 患者的临床经验论文，证明了小剂量 MTX 在 RA 治疗中的疗效和安全性。
1984-1985 年，四项随机、安慰剂对照临床研究证明了小剂量 MTX 能有效改善 RA 患者临床症状和实验室指标。
1988 年，小剂量 MTX 被美国 FDA 批准用于 RA 的治疗。此后，小剂量 MTX 正式成为 RA 治疗的 scDMARD 药物的一部分。
除了 RA，不同的临床研究证明 MTX 在以下系统性、自身免疫性风湿病的治疗中有效：皮肌炎、幼年慢性关节炎、某些主要表现为关节炎、肌肉骨骼症状、皮肤病变的 SLE 亚型、早期的系统性硬化、广泛硬皮病、原发性干燥综合征、复发新多软骨炎、结节病、IgG4 相关性疾病。
