甲氨蝶呤常作为治疗类风湿性关节炎的一线药物。韩国首尔国立大学医学院Lee教授进行了三期临床单药用药研究，以比较托法替尼（一种JAK抑制剂）和甲氨蝶呤在治疗类风湿性关节炎方面的疗效及安全性。研究结果发表在2014年6月的The New England Journal of Medcine杂志。
Lee教授等纳入958例类风湿性关节炎患者，随机接受每天两次的5mg/10mg剂量的托法替尼，或递增剂量的甲氨蝶呤直到每周剂量达到20mg，持续逾8周。且甲氨蝶呤组患者之前从未接受过甲氨蝶呤。
研究终点为6个月时，患者Van der Heijde改良总Sharp评分偏离基线的平均变化（评分从0分到448分，分值越高说明关节的损伤程度越大），以及达到美国风湿病学会病情改善70%诊疗标准的比例，即ACR70的人数所占总人数的比例。
达到ACR70的患者必须满足以下五个标准中的3个或3个以上：病人疼痛的评估，伤残等级，C-反应蛋白水平或血沉，患者对疾病进行全球性评估和医生对疾病的全球性评估。
研究发现，6个月时，托法替尼组偏离基线的平均改变要明显小于甲氨蝶呤组。但是这三组的变化都是适度的（10mg托法替尼剂量组平均变化值为0.2，5mg托法替尼组平均变化值为0.1，甲氨蝶呤组平均变化值为0.8）。
在托法替尼组，5mg组和10mg组分别有25.5%和37.7%的患者达到了ACR70的标准。而甲氨蝶呤组有12%的患者达到了ACR70的标准。在770例接受托法替尼治疗的患者，其中有31例患者出现了带状疱疹，在186例接受甲氨蝶呤的患者中，有2例患者出现了带状疱疹。
癌症确诊病例（其中3例淋巴瘤），托法替尼组5例，甲氨蝶呤组1例。应用托法替尼与肌酐水平升高、低密度脂蛋白及高密度脂蛋白的变化有关。
对于之前没有接受过甲氨蝶呤治疗的患者，托法替尼单药治疗在减轻类风湿性关节炎症状以及防止关节进一步受损方面要优于甲氨蝶呤。但要考虑托法替尼的潜在不良风险。
